Universitas Mahasaraswati (Unmas) Denpasar, sejak tahun 2006 telah berkomitmen untuk melaksanakan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang telah menjadi kebijakan dari Pemerintah untuk mengendalikan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi. Hal ini sesuai dengan Undang-Undang Republik Indonesia No. 20 tahun 2003 tentang sistem Pendidikan Nasional, pasal 51 ayat (2) secara eksplisit menjelaskan bahwa pengelolaan satuan pendidikan tinggi dilaksanakan berdasarkan prinsip otonomi, akuntabilitas, jaminan mutu ,dan evaluasi yang transparan. Undang Undang Nomor 12 Tahun 2012 Bab III Pasal 52 menyatakan bahwa penjaminan mutu Pendidikan Tinggi merupakan kegiatan sistemik untuk meningkatkan mutu Pendidikan Tinggi secara berencana dan berkelanjutan, serta penjaminan mutu sebagaimana dimaksud dilakukan melalui Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan (PPEPP) standar Pendidikan Tinggi (Dikti).

Unmas Denpasar sesuai dengan komitmen tersebut, pada tahun 2008 membentuk Badan Penjaminan Mutu (BPM) Unmas Denpasar sesuai Surat Keputusan Rektor Unmas Denpasar No. K.043/F.01.01/Unmas/I/2008, tanggal 16 Januari 2008 bertugas untuk merencanakan dan melaksanakan penjaminan mutu secara berencana dan berkelanjutan sesuai prinsip PPEPP standar Dikti. Komitmen Unmas Denpasar dalam melaksanakan SPMI diseluruh bagian dan jenjang pendidikan dengan mengedepankan budaya mutu tercermin dari dibentuknya Satuan Penjaminan Mutu yaitu Lembaga Penjaminan Mutu (LPMI) tingkat universitas, Gugus Penjaminan Mutu (GPM) di tingkat fakultas, dan Unit Penjaminan Mutu (UPM) di tingkat program studi di lingkungan Unmas Denpasar dengan tugas dan fungsi pokoknya diatur dalam Peraturan Rektor Unmas Denpasar Nomor 1 Tahun 202 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja . Kinerja LPMI Unmas Denpasar sejak tahun 2008 ditetapkan sebagai salah satu perguruan tinggi bermutu di tingkat nasional. Hal ini mengacu pada penilaian Tim Technical Assistance Quality Assurance dan Evaluasi Implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Direktotal Jendral (Ditjen) Pendidikan Tinggi (Dikti) dimana Unmas Denpasar termasuk salah satu dari 68 PT di Indonesia yang menerapkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI). Dalam kegiatan Tri Dharma Unmas Denpasar telah dapat membuktikan sebagai lembaga pendidikan tinggi yang bermutu, dilihat dari cluster dharma penelitian ada di kluster Madya dan di bidang PkM ada pada kluster memuaskan. Demikian pula dengan status dan peringkat akreditasi Unmas Denpasar telah menyandang terakreditasi dengan peringkat Baik Sekali berdasarkan penilaian BAN-PT dengan instrument akreditasi 9 kriteria dan diikuti 7 Prodi terakreditasi dengan nilai A.

Dalam penyelenggaraan SPMI Unmas Denpasar sejak kelembagaan SPMI dibentuk telah memiliki dokumen utama berupa: 1 (satu) dokumen kebijakan SPMI, 210 (dua ratus sepuluh) dokumen Manual SPMI, dan 42 (empat pupuh dua ) Standar SPMI (akademik dan nonakademik), dan dokumen formulir SPMI. Di samping dokumen utama telah pula memiliki dokumen sebagai bukti implementasi SPMI di Unmas Denpasar seperti dokumen Standar Operasional Prosedur (SOP) dan kuesioner kepuasan.

Untuk menjaga keobjektivan dan transparansi dalam pelaksanaan SPMI di Unmas Denpasar sesuai dengan prinsip SPMI, maka dalam melaksanakan kegiatan Audit Mutu Internal (AMI) dilakukan oleh Tim Auditor Internal yang ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unmas Denpasar dan ditugaskan berdasarkan Surat Penugasan dari Ketua LPMI Unmas Denpasar. Kegiatan AMI dilakukan setiap akahir tahun. Sampai saat ini best practice implementasi SPMI untuk menilai kinerja Program Studi dilakukan kegiatan Universitas Mahasaraswati Denpasar Annual Quality Award (UMDAQA) pada saat ini di 2022 telah terlaksana yang ke 12.

Untuk menjaga keobjektivan dan transparansi dalam pelaksanaan SPMI di Unmas Denpasar, sesuai dengan prinsip SPMI, maka dalam melaksanakan kegiatan Monev Internal sesuai dengan pernyataan yang dimuat dalam Manual Evaluasi Standar, Unmas pada tahun 2013 membentuk Satuan Pengawas Internal (SPI) yang ditetapkan berdasarkan Skep. Rektor Unmas Denpasar, selanjutnya secara berkala melaksanakan audit di berbagai bagian di lingkungan Unmas Denpasar. Dalam perkembangan selanjutnya, kebijakan Rektor Unmas Denpasar untuk maksud efektivitas dan efisiensi kelembagaan SPI disatukan dalam struktur organisasi BPM Unmas Denpasar bersamaan dengan perubahan BPM menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI) , dengan ketentuan LPMI dalam melakukan monev dan audit memanfaatkan tenaga Auditor yang ditetapkan oleh Rektor Unmas Denpasar. Pada saat ini (2017) Unmas Denpasar memiliki 78 orang Auditor Internal sebagai lulusan dari pelatihan yang dilaksanakan oleh Unmas Denpasar.